По иску Семейской транспортной прокуратуры в апреле 2014 года судом города Семей предприятие признано банкротом и начата соответствующая процедура банкротства.
Постановлением Правительства принято решение о возможности отчуждения имущественного комплекса в пользу АО «НК «СПК «Ертіс», учредителем которого является акимат области.
В сентябре 2018 года после подписания банкротным управляющим АО соответствующего договора и продажи имущественного комплекса аэропорта задолженность перед работниками погашена в полном объеме.
Принятыми мерами органов транспортной прокуратуры ликвидирована просроченная задолженность по заработной плате перед 121 работником АО «Семейавиа» на сумму 51,1 млн тенге.